22 июня подводные лодки Северного флота, приведенные в готовность 1 начали развертывание на вражеских коммуникациях.

В первый же день начала войны на позиции с задачей искать и топить корабли и транспорта противника вышло 5 подводных лодок из которых 4 - «щуки» и одна «малютка».

Для пополнения бригады подводных лодок с Балтики по Беломоро- Балтийскому каналу шли еще 3 «катюши». Немцы, хорошо понимая значение канала, начали систематические его бомбардировки по всей трассе, т. ч. лодкам пришлось принять участие в отражении воздушных налетов.

Через два дня после начала войны на позиции вышли еще 3 подводные лодки: одна типа «Д» и две «щуки». Итого, 8 подводных лодок из 15, имеемых в боевом составе, одновременно вышло в море на боевые позиции: 55 на боевой службе в море - это очень высокий показатель, характеризующий высокую боевую готовность соединения подводных лодок. В середине июля усилились бои в районе Западной Лицы. Не считаясь ни с какими потерями, враг рвался к Мурманску и Полярному. Из состава подводников, остающихся на берегу, была сформирована рота для отражения нападения на Полярный.

20 августа Гитлер отдал приказ армии «Норвегия» взять Мурманск любой ценой. Через неделю гитлеровцы очередной раз перешли в мощное наступление, но оно тут же захлебнулось. Практически все обеспечение армии «Норвегия» осуществлялось морем.

Подводные лодки бригады действовали по заранее отработанному плану. На наиболее удаленном западном участке морских сообщений противника несли патрулирование подводные лодки типа «Д» и «К»; на центральном участке - подводные лодки типа «Щ» и «С»; «малютки» занимали позиции в самой ближней зоне - в районе Варангер-Фьорда. Кроме того, несли дозорную службу подводные лодки, развернутые в горле Белого моря и у полуострова Рыбачий с задачей не допустить прорыва кораблей противника в Кольский залив и к Архангельску.