Отличился «Энтерпрайз» и в крупнейшей битве авианосцев у Мариинских островов в июне 1944 года, где у США было 15 авианосцев, 6 линейных кораблей, 5 крейсеров, 35 эсминцев, 700 самолетов, а у японцев - 9 авианосцев, 5 линейных кораблей, 7 тяжелых крейсеров, 15 эсминцев и около 400 самолетов. В общей сложности за 2 месяца боев американцы уничтожили 3 авианосца и несколько других боевых кораблей японцев общим водоизмещением 110000 тонн, а также 1223 самолета. Американцы потеряли 358 самолетов, но все авианосцы сохранили.

Активное участие принимал «Энтерпрайз» в битве у Филиппинских островов в июле 1944 и у острова Формоза в октябре 1944 года. Испытал он на себе в этих боях атаки камикадзе.

Были в биографии «Энтерпрайза» еще и бои в проливе Суригао, где японцы потеряли линейный корабль и эсминец, а также - участие в боях в Южно Китайском море, когда в январе 1945 года в него вошел 101 американский корабль. За две недели боев здесь было потоплено 40 японских кораблей и уничтожено 1457 самолетов.

На заключительном этапе войны «Энтерпрайз» участвовал в боях у о. Новодзима в феврале 1945 года и у о. Окинава в марте 1945 года, где американцы подверглись атаке 355 камикадзе и 344 других самолетов. А всего со стороны японцев действовало 3000 самолетов, многие из которых пилотировали камикадзе. Камикадзе и летчики японских авианосцев в этих боях утопили 31 корабль, но не крупнее эсминца, зато повредили 2 эскадренных авианосца, 3 эскортных авианосца, 8 линкоров, 2 тяжелых крейсера, 27 эсминцев и 56 других, более мелких боевых кораблей и судов. Японцы потеряли около 180 кораблей, в основном мелких, однако среди потопленных оказался и гордость японского флота - линейный корабль «Ямато».